El sitio está dentro de un Parque Nacional, con las tierras anteriormente propiedad del gobierno federal mexicano. La autorización para usar el sitio puede ser concedida por la Secretaría del Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT), el organismo federal a cargo del medio ambiente. Una declaración de impacto ambiental para la instalación de HAWC en el Parque Nacional Pico de Orizaba se presentó a la SEMARNAT en junio de 2007 y un permiso condicionado que se concedió en septiembre de 2007.
El permiso permite una fase de construcción de tres años y hasta diez años de operación, lo que permite la instalación del experimento, sus periféricos y la infraestructura de sistemas de adquisición de agua. Un permiso es necesario para la construcción de 1 kilometro de la carretera de acceso y las líneas eléctricas, el cual se solicitó en febrero, y aún no se tiene respuesta. Las condiciones impuestas para el proyecto a través del permiso de la SEMARNAT están dirigidas a minimizar el impacto ambiental y para compensar a través de un programa de reforestación en relación con el proyecto HAWC. El permiso está en línea en el sitio web propuesto de HAWC.